EC Ma Ndryshe ka dizajnuar 13 grupe indikatorësh/faktorësh, me një morri nën-indikatorësh, të cilat kanë rëndësi të veçantë në vlerësimin e transparencës së komunave. Në këtë kuadër janë përpiluar edhe pyetjet dhe janë dhënë shembuj se çfarë nënkuptojnë këto fusha, ashtu që fokusi i hulumtimit ka qenë në çështje të njëjta si dhe vlerësimet për secilën komunë janë bazuar në kritere të njëjta.
Indikatorët/faktorët të cilat janë monitoruar dhe mbi të cilat është shkruar raporti janë:
Gjatë vitit 2016, EC Ma Ndryshe ka monitoruar transparencën në 7 komuna që njëherësh janë qendra rajonale, si Prishtina, Prizreni, Peja, Gjilani, Gjakova, Mitrovica dhe Ferizaj, si dhe në tetë komuna tjera si Rahoveci, Vushtrria, Malisheva, Suhareka, Klina, Dragashi, Shtërpca e Mamusha. Me këtë rast janë përcjellë zhvillimet në kuadër të pushtetit lokal, sikurse takimet e organeve vendimmarrëse, e po ashtu edhe diskutimet e ndryshme publike. Në të njëjtën kohë janë vëzhguar në mënyrë të rregullt publikimi i njoftimeve, raporteve, rregulloreve e dokumenteve tjera statutore në ueb faqen zyrtare të Komunës, por edhe portalet ndihmëse të krijuara nga vet komunat. Informatat relevante nga monitoruesit janë grumbulluar edhe përmes qasjes në dokumente publike, por edhe në kontakt dhe intervista të drejtpërdrejta me zyrtarët komunal dhe burimet tjera (siç janë përfaqësuesit e partive opozitare, aktivistët e shoqërisë civile dhe gazetarët lokal). Kësisoj këto të dhëna i kanë shërbyer autorëve të raporteve për përpilimin e draftit të parë.
Autorët e raporteve kanë përpiluar draft raportet bazuar në të gjeturat e monitorimit vjetor, por edhe referencat e institucioneve publike dhe organizatave tjera të shoqërisë civile. Ata kanë marrë për bazë aspektin normativ dhe veprimet në praktikë të zbatuara nga komunat për transparencën në indikatorë të ndryshëm. Gjithashtu janë analizuar përmbajtjet e raporteve të komunave dhe cilësia e të dhënave të pasqyruara në to. Janë marrë parasysh qasjet statike apo dinamike të zyrtarëve përgjegjës, sikurse edhe vështirësitë reale me të cilat ballafaqohen komunat, por janë vlerësuar edhe praktikat e mira që janë zbatuar nga pushtetet lokale për t’i tejkaluar sfidat reale, në përpjekje për të qenë transparent kundruall publikut.
Më pastaj draft raportet janë rishikuar nga një ekip i analistëve të EC Ma Ndryshe. Brenda afatit të caktuar kohor janë kërkuar edhe komentet përfundimtare nga vet Komuna, në lidhje me përmbajtjen e draft raportit.
Pas kompletimit të këtij cikli, autorët kanë finalizuar përmbajtjen e raporteve. Pas rishikimit nga ekipi i analistëve të EC Ma Ndryshe, raportet para publikimit janë edituar nga një redaktor.
EC Ma Ndryshe në vitin e parë të publikimit të Indeksit të Reformës së Transparencës Komunale qe përcaktuar që të mos vendoste një notim të përgjithshëm për komunën, duke aplikuar vetëm notimin për secilin indikatorë. Por në vitin e dytë të publikimit të këtij Indeksi, është nxjerrë rezultati i përgjithshëm për transparencën në komuna, e matur me përqindje.
Duke qenë se për 7 komunat (që janë qendra rajonale) ekzistojnë notat e monitorimit të vitit 2015, në këtë raport për këto komuna pos notave për transparencën e vitit 2016, jepet edhe krahasimi i rezultateve për vitet 2016-2015.
Ndërkaq 8 komunat tjera janë vlerësuar për herë të parë për transparencën gjatë vitit 2016.
Notimi është bërë duke u bazuar në mundësinë për qasje në informata, përdorimin e informatave, mundësinë për komunikim të dyanshëm, dhe sa janë të plota informatat. EC Ma Ndryshe ka rezervuar të drejtën për vendosjen e notës përfundimtare.
Shkalla e notimit: 1 deri 2.25 negative; 2.5 deri 3.25 neutrale dhe 3.5 deri 5 pozitive
Për notën/vlerësimin, autori ka paraqitur edhe arsyen për vendimin e tillë.
EC Ma Ndryshe synon që indikatorët, pesha e tyre dhe metoda e poentimit të jenë relevant për një kohë të gjatë dhe të zbatueshme në vende të ndryshme, kështu që krahasimi të jetë i mundshëm për vende të ndryshme dhe periudha të ndryshme kohore. Rrjedhimisht, ky indeks mund të aplikohet për qeveri lokale edhe jashtë Kosovës dhe të jetë i krahasueshëm.